1）为了保证检测质量，临床PCR实验室应有充分合理的空间，良好的照明和空调设备。工作环境虽不是检测质量的直接原因，但宽敞舒适的实验室环境将肯定有利于检验质量的保证。
2）合理有效地对仪器设备进行管理，定期做维护和校准，使其处于一个良好的状态。例如，定期校准移液器，使其保持足够的准确度和精密度。定期维护荧光定量PCR仪的光学系统和反应孔间温度差异，使其保持在良好状态和允许的范围内。此外，还包括天平，离心机，冰箱等设备的管理。
3）理想的试剂：主要有内外两个因素，内在因素包括标本处理方法，用于核酸扩增的原材料及方法学设计等。外出因素包括试剂盒的运输和保存中的问题。
4）标准化操作流程：完整的临床PCR程序由标本采集，运送，保存，编号，试剂准备，核酸提取，扩增和产物检测，结果分析和报告等诸多环节，建立科学和与本实验室配套的SOP文件，严格按SOP进行操作。
5）主要污染源和防污染措施：PCR的主要污染源有标本中的大量待测微生物，克隆质粒，大量存在实验室中的特定微生物以及以前扩增产物的残留污染等。这些都是实验室最容易造成假阳性的污染。因此，必须严格分区实验室及遵守工作流程，使用化学清洁实验台面，使用紫外线照射和UNG方法消除扩增产物污染等等。
6）进行室内和室间质量控制，室内质量控制可以确保实验室室内测定质量的一致性，室间质量控制可以提供将实验室测定情况与一室间和客观标准进行回顾性比较的数据。