1、仪器使用的广泛程度
如果不是一个新出现的仪器品牌，为保证所购置的仪器有充分的可靠性，临床PCR实验室可以从相应仪器在国内外使用的广泛程度来判断。应用越是广泛的仪器，越是经过实践验证的，也就越具有可靠性。
2、仪器的检测通量（反应孔数）
在购买定量PCR仪的时候需要根据实验室的要求来选择不同通量的仪器。目前市面上的荧光定量PCR仪的检测通量小到16多到384孔，实验室可以根据自己的检测项目和发展状况，选择合适的仪器，没必要追求最昂贵的仪器，一般来说，96孔的通量足够用了；如需寻找新药靶点和疾病标记等类型的实验，则可以考虑购买384孔的仪器。
3、仪器的通道数量
随着医院开展的项目越来越多，比如基因表达，单核苷酸多态性分析、高分辨率熔解曲线等，那么单通道的仪器则无法满足实验室的需求了，而多通道的设计则能使其更方便地检测多重PCR检测及其衍生的基因表达等其他分析模式。
4、耗材的开放性
耗材如扩增反应管的开放性可能会决定日常检测成本的高低。作为临床PCR实验室，在选择实时荧光PCR仪时，可考虑这一点。不过对于检测HCV等RNA项目的时候，尽量使用去RNAnase酶耗材。
5、硬件设计特点
荧光定量PCR仪主要有96孔板式和离心式等，每种设计都有它的独到之处，但也都有无法避免的缺陷。
96孔板的荧光定量PCR仪可以容纳的样本量大，最大可至100ul，而且无需特殊的耗材。传统的96孔板仪器多采用卤钨灯激发、CCD检测。其优点在于：卤钨灯的光强比LED灯强，波长范围广，对于荧光染料的激发具有非常好的效果，性能比较稳定，使用寿命约3000个小时左右；但CCD的检测通常会因为每个样品孔距光源和检测器的光程各不相同，会产生边缘效应，对结果产生一定的影响。为了保证精确、精准的实验结果，这类仪器在实验过程中通常需要配合ROX校正染料，来平衡孔间差异；离心式的仪器通常选用LED激发、PMT检测，设计上避免了边缘效应，同时PMT检测对荧光信号可以放大或缩小，相对于CCD检测更加灵活，灵敏度更高；但LED的荧光强度比较弱，波长范围也比较窄，因此，对荧光染料的激发效果不如卤钨灯；
6、运行速度
在荧光定量PCR仪的众多技术参数中，升降温速度也是非常重要的。更快的升降温，可以缩短反应进行的时间，而且缩短了可能的非特异性结合和反应时间，提高PCR的特异性。但是，运行速度越快，对加热制冷模块的要求越高，因此，稳定性是其存在的最大问题，如果在市面上经过长期考证的，稳定性好的仪器，运行速度越快，带来的便捷越多；
7、灵活性
在仪器基本性能得到保证的情况下，另外一方面则需要考虑仪器的灵活性，主要包括：仪器运输的灵活性，拆卸的灵活性，软件升级的灵活性，模块更换的灵活性以及使用的灵活性等。