HBV-DNA检查是反应乙肝病毒复制程度和传染性大小的最直接指标。临床数据显示，在乙肝两对半大三阳病例  中，HBV DNA阳性的检出率极高，但HBV DNA阴性的结果也是很有可能的。一般乙肝大三阳HBV-DNA阴性虽然表明患者病毒未超标，但大三阳结果提示患者感染乙肝病毒，且具有较强传染性。尽管如此，临床检验者也可能遇到大三阳标本HBV DNA检测不出的情况。首先对于这样的标本，可以将标本进行稀释后进行复查，排除血清或血浆标本中存在抑制物或者阳性标本HBV DNA浓度超过试剂盒上限而导致PCR扩增失败的情况。其次，乙肝病毒发生变异也是导致PCR扩增不出的原因之一，通常都是用药治疗患者的乙肝病毒核酸序列发生了突变。如经过多种PCR试剂检测失败后，可进行DNA测序以确定乙肝病毒及其变异位点，以指导临床医生用药治疗。最后， 可更换另一厂家试剂进行检测，排除原试剂本身设计缺陷而造成漏检的情况。